Ответственность за нарушение закона определяется законом и не может быть возложена на иное лицо договором, инструкцией, распиской или иным документом.
Это всё верно. Конечно если закон доберётся - то до всех, кто имеет отношение, в том числе и до руководителя и до программиста. Но только делить эту отвественность закон будет на основании вот этих бумажек разных (расписок, сообщений, докладных и прочего).
Кстати интересно. Если подчинённый сообщает письменно руководителю о нелиц. софте на предприятии, руководитель в курсе, но ничего не делает с этим - получается минимум 2 человека в курсе. Это уже организованная группа, которая бездействует по поводу лицензий ПО??