Это является одним из основанием к отказу в регистрации юридического лица?
В том то и дело, что нет. Соответственно, возможность существования лиц с одинаковым фирменным наименованием есть. В отношении ОПФ было известное письмо ВАСа 1992 г. о возможности использования одинаковой произвольной части в фирменных наименованиях с разным корпусом, но в настоящее время позиция ВАСа изменилась, хотя формально указанное письмо продолжает действовать и применяться на практике.
К тому же, имейте в виду, для фирменных наименований нет критерия "сходства до степени смешения", соответственно в любом случае можно будет зарегистрировать фирменное наименование незначительно отличающееся от Вашего.