1) Могу ли я назвать свою игру, скажем, Warcraft Online? То есть использовать в названии слова оригинала, но не название целиком?
Смотря какие слова. Если название оригинальной игры зарегистрировано как товарный знак (например, "SIMS"), то нельзя. Если оригинальное название - творческое произведение (например, "Тетрис"), то нельзя. В остальных случаях - можно (например, "Jagged alliance" -> "Jagged union").
2) Могу ли я использовать имена и названия оригинала в своей игре? Названия городов, имена персонажей? Особенно меня интересуют названия городов.
Аналогично предыдущему.
3) Могу ли отталкиваться от сюжета? То есть на основе заданий и сюжетных линий той игры разрабатывать свои, очень близко похожие на те, но записанные своими словами?
Можно. Сюжет авторским правом не охраняется. Во всяком случае, в РФ.
4) Могу ли использовать рисунки брони, оружия и пр. из оригинала? Естественно, они не будут просто вырезаться и копироваться. Все рисунки будут перерисовываться.
Если перерисовываться, то это будут уже ДРУГИЕ рисунки - тогда можно. Если просто обрабатываться фотошопом, перекрашиваться в другой цвет - тогда нельзя.
5) Можно ли использовать музыку из оригинала? Здесь уже идёт чистое копирование.
Нельзя, если эта музыка охраняется авторским правом, например, написана специально для этой игры. Если же музыка была позаимствована разработчиками из третьего источника, тогда надо смотреть, что за источник, когда и кем написана и т.п.
6) Влияет ли на решение тот факт, что игра НЕ будет как-то распространяться, будет бесплатной, установлена на моём сервере и доступна всем желающим?
Это повлияет лишь на решение правообладателя - стоит ли с вами связываться, предъявлять претензии, подавать иск. В одних случаях игру-клон пытаются задавить всеми способами, в других случаях - не обращают внимания, в третьих - наоборот - предлагают сотрудничество и деньги.
Настоятельно рекомендую изучить опыт создателей клона игры "Цивилизация" - "
FreeCiv". Они достаточно грамотно обошли все юридические препоны, создав при этом почти стопроцентный клон.