...на консоли произведена замена оригинальных внутренних программ, проверяющих диски, на модифицированные, что по определению является модификацией.
Только не
модицикацией, а
переработкой (модицикацией) программы для ЭВМ (пп.9 п.2 ст.1270 ГК). Программы как объекта авторских прав. Это отнюдь не то же самое, что
модификация информации (ст.272 УК).
Объявлять модификацию произведение модификацией информации (т.е. иного объекта из иной отрасли права) - это подтасовка. Аналогично можно было бы объявить изменение информации изменением государственной границы и судить по ст.323 УК. Или изменением итогов голосования (ст.142.1 УК), или изменением свойств воздуха (ст.251 УК) и так далее. А чё? Изменение же!
Ваше правонарушение - чистая и незамутнённая ст.1299 ГК. Привлечение к уголовной ответственности незаконно. Но, если дело уже ушло в суд, то "поздно пить Боржоми".