1. Лучше документы разбивать на несколько, чем ставить закладки на одной странице.
Так пользователю неудобно: (а) он не всегда знает "куда отсюда" можно кликнуть/перейти, (б) дать ссылку соседу проще на страницу, а не на закладку на странице.
Лучше, но дороже для его автора: придется оплатить дизайн каждой страницы по каждому документу.
2. Часть документов на сайте в формате MS-Word, я считаю это плохо: и в дизайн не вписывается и грузится долго, да и непривычно...
Во-первых, сразу можно пускать в "реферат", "курсовик", "дипломник" или "диссертацию".
Во-вторых, оригинальность подачи материала на сайте - изначальная стратегия его разработки.
3. А чей сайт-то? Этот вопрос возникнет у ккаждого более-менее серьезного посетителя.
Конечно, ответ на этот вопрос есть на сайте, но думаю, он должен быть более очевидным.
Именно серьезный посетитель, взглянув на логотип, название, псевдоним автора, дизайн подачи и содержание материала, сразу поймет "чей это сайт" и не будет искать дополнительных вопросов по этому поводу.