1. Тип авторского договора: о передаче исключительных или неисключительных прав?
Это как захотите, но лучше неисключительные.
2. Как очертить конкретный перечень передаваемых прав
прямо прописать в договоре, не противореча Закону
3. Как установить ответственность (за что)
За все, что с Вашим ПО без Вас смогут сделать (тут Вы лучше меня знаете)
4. САМЫЙ ГЛАВНЫЙ: CMS создана нашим программистом по трудовому договору в рамках служебного задания. Так как первое отчуждение, насколько знаю, возможно только ФЛ, нужно ли заключать договор еще и с ним, для того чтобы Автором в договоре с Организацией (которой мы передаем в пользование CMS) была наша фирма
Автор - програмист, права лучше прямо передать организации (по договору).
Если боитесь, что CMS могут украсть или чтоб бумага на нее красивая была - рекомендую регистрацию:
http://www.internet-law.ru/business/fips.htm