Можно ли запатентовать схему работы сайта в Интенете, не саму программу(сайт), а способ ведения деятельности в Интернете(саму идею)?
Способ патентуется.
Но не любой способ, а
способ как процесс осуществления действий над материальным объектом с помощью материальных средств (ст.4 ПЗ). Способ как метод хозяйственной деятельности - не патентуется.
Способ ведения деятельности в Интернете можно притянуть к этому определению, если постараться. Но возможен и обратный процесс. Поэтому если ваш "способ" будет сильно прибыльный, или вы начнёте сильно препятствовать другим в его использовании, ваш патент могут отменить.