Да. Получается, что на диске два экземпляра программы. Каждый экземпляр имеет свою стоимость. Значит стоимость программы будет учтена дважды.
Да позволено мне будет выразить сомнения. Стоимость - не цена. Стоимость - объективная экономическая категория, обозначающая, с одной стороны, полезность объекта (потребительская стоимость), с другой - количество вложенного в его создание труда. Очевидно, что, с точки зрения пользователя, от двух экземпляров программы толку ровно столько же, как от одного (за некоторыми редкими исключениями). Что же касается вложенного труда, то производитель изготовил единственный экземпляр ПО, а дальнейшее его копирование дополнительного труда не стоило.
Полагаю, что стоимость должен оценивать эксперт-экономист. Будучи непредвзятым, такой эксперт должен оценить стоимость дублирующего экземпляра ПО в ноль или около того.