что должно быть у предприятия, что бы проводить ПТЭ
Стандартный пакет установочных документов как и для занятий любой другой коммерческой деятельностью.
какими НПА должны руководствоваться, если не законом о ГСЭД?
УПК, ГПК, КоАП...
И что, если это предприятие не является экспертным (в городе немало экспертных предприятий, занимающихся подобными экспертизами, не считая лабораторию при Минюсте)?
Тогда, экспертизу правильнее проводить не от имени предприятия (вдруг у них в Уставе осуществление экспертной деятельности не прописано), а от имени физических лиц, которым непосредственно поручено производство экспертизы.