Добрый день.
Подскажите, пожалуйста, может ли существовать такая схема? Не будет ли каких то юридических проблем или проблем с той же налоговой?
Юр. лицо владеет доменным именем, а сам сайт (интернет-магазин) принадлежит ИП (он платит за аренду сервера, ему принадлежит лицензия на софт, он получает деньги от продаж на сайте). Ген. дир и учредитель юр. лица и ИП один и тот же человек. Никаких договоров между юр. лицом и ИП нет.
Проблемы вполне возможны (принадлежит одному, использует - другой),
чтобы проблем не было - сделайте между ними нормальный договор.