Я не юрист, но насколько я понимаю, если программа официально зарегистрирована в Роспатенте, то по закону договор об отчуждении исключительных прав должен официально регистрироваться. Если нет такого зарегистрированного права, то согласно ст.1232 п.4 ГК-4
Несоблюдение требования о государственной регистрации договора об отчуждении исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации либо договора о предоставлении другому лицу права использования такого результата или такого средства влечет недействительность соответствующего договора. При несоблюдении требования о государственной регистрации перехода исключительного права без договора такой переход считается несостоявшимся.
А в статье 1266 п.5 сказано
Договоры об отчуждении исключительного права на зарегистрированные программу для ЭВМ или базу данных и переход исключительного права на такую программу или базу данных к другим лицам без договора подлежат государственной регистрации в федеральном органе исполнительной власти по интеллектуальной собственности.
Сведения об изменении обладателя исключительного права вносятся в Реестр программ для ЭВМ или в Реестр баз данных на основании зарегистрированного договора или иного правоустанавливающего документа и публикуются в официальном бюллетене федерального органа исполнительной власти по интеллектуальной собственности.
Так что я не знаю как это делается, вероятно письмо надо будет написать, но предварительно не пожалейте позвонить в Роспатент и проконсультироваться, но вам нужно получить от Роспатента какую-то бумагу, наверное, выписку из реестра в которой указано, кто является обладателем исключительного права на вашу программу. Это должны быть вы
Далее, как вам уже посоветовали, подаете гражданский иск на бывшего работодателя. Доказательством ваших авторских прав должна быть регистрация вашей программы, исключительных прав, что они не перешли к работодателю - записи в реестре Роспатента.
И ище как-то следовало бы задокументировать факт использования вашим бывшим правообладателем вашей программы.