Я не юрист, но насколько я понимаю, если программа официально зарегистрирована в Роспатенте, то по закону договор об отчуждении исключительных прав должен официально регистрироваться. Если нет такого зарегистрированного права, то согласно ст.1232 п.4 ГК-4
Несоблюдение требования о государственной регистрации договора об отчуждении исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации либо договора о предоставлении другому лицу права использования такого результата или такого средства влечет недействительность соответствующего договора. При несоблюдении требования о государственной регистрации перехода исключительного права без договора такой переход считается несостоявшимся.
А в статье 1266 п.5 сказано
Договоры об отчуждении исключительного права на зарегистрированные программу для ЭВМ или базу данных и переход исключительного права на такую программу или базу данных к другим лицам без договора подлежат государственной регистрации в федеральном органе исполнительной власти по интеллектуальной собственности.
Сведения об изменении обладателя исключительного права вносятся в Реестр программ для ЭВМ или в Реестр баз данных на основании зарегистрированного договора или иного правоустанавливающего документа и публикуются в официальном бюллетене федерального органа исполнительной власти по интеллектуальной собственности.
Так что я не знаю как это делается, вероятно письмо надо будет написать, но предварительно не пожалейте позвонить в Роспатент и проконсультироваться, но вам нужно получить от Роспатента какую-то бумагу, наверное, выписку из реестра в которой указано, кто является обладателем исключительного права на вашу программу. Это должны быть вы
![Улыбающийся](https://internet-law.ru/forum/Smileys/default/smiley.gif)
Далее, как вам уже посоветовали, подаете гражданский иск на бывшего работодателя. Доказательством ваших авторских прав должна быть регистрация вашей программы, исключительных прав, что они не перешли к работодателю - записи в реестре Роспатента.
И ище как-то следовало бы задокументировать факт использования вашим бывшим правообладателем вашей программы.