Забыл важное обстоятельство уточнить.
У следователя нет допросов свидетелей,кроме своих оперов и понятых!
Неужели даже это не сыграет роль?
Опера - вполне себе свидетели. Особенно в случаях, когда пришли с обыском по одному делу, а обнаружили признаки совсем другого преступления. Ну, например, пришли в квартиру и случайно увидели в углу гранатомёт. Они - выявили. Они - первые очевидцы. Всё нормально. То же самое и с дисками.
Тут больше вопрос в том, что Вы там в объяснениях понаписали. Если Вам хранение вменяют - так в хранении контрафакта без цели сбыта нет состава априори. Равно как в приобретении. Цель сбыта в Вашем деле прицепить нереально, разве что это персональное заказное дело, и то нереально, ИМХО.
В квартире могут только установленные на компьютер программы вменить, потому что незаконное воспроизведение экземпляра само по себе преступление, без конкретной квалифицирующей цели. Ну, и статьи 272 и 273, конечно - за кряки и прочие средства обхода ТСЗАП, и то опять-таки только за "активные", то есть установленные на компьютер. Хранение их на дисках без собственного признания в том, что "заведомо знал и хранил" никак не вменить - ну кроме дисков "Всё для хакера", наверное.
Ряд косяков, описанных Вами - существенные, но далеко не все. Что самое поганое, так большинство косяков исправимые. Поэтому нельзя давать следователю понять его ошибки, поскольку до передачи дела в суд он всегда имеет возможность дополнить доказательственную базу, исправить недочёты. То, что обвинительное заключение передано прокурору, дела не поменяет, просто ему нужно будет с ним договориться о возврате дела без утверждения обвинительного заключения (как с целью исправления ошибок, которые найдёт прокурор). Даже после передачи дела в суд это возможно, если судья вернёт дело обратно прокурору по формальному основанию. Ну, и сам суд может ту же экспертизу назначить, если не проводилась или была кривая, или допросить правильно свидетелей обвинения, если следствие с этим дурно справилось.
