Так значит можно производить СКТЭ на нелицензированном ПО?
Хотя вопрос и не мне, выскажу пару соображений.
Думаю, что нет.
1) Как правильно отметил Игорь Юрьевич, принципиальная задача для эксперта или специалиста в суде - выражаясь доступным для понимания судьи языком, убедить его в правоте сделанных выводов. Иными словами, поскольку надеяться на то, что суд сможет досконально разобраться в технических деталях - чистой воды утопия, надо суметь заставить суд поверить. Вопрос доверия в немалой степени зависит от репутации, использование нелицензионного ПО в этом случае вряд ли сыграет в плюс.
2) Использование нелицензионного ПО позволяет поставить под сомнение, что ПО функционирует в штатном режиме, а полученные результаты достоверны. Эксперту придется доказывать обратное, что в принципе, наверное, возможно, но не думаю, что это простая задача.
3) Применительно к гражданскому, арбитражному или административному производству закон прямо устанавливает, что доказательства, полученные с нарушением закона, являются недопустимыми. Использование нелицензионного ПО - нарушение закона.